T-COFFEE, Version_8.29(Wed Feb 24 20:33:06 WEST 2010)
Cedric Notredame 
CPU TIME:1 sec.
SCORE=92
*
 BAD AVG GOOD
*
gpd1yeast   :  93
gpdadrome   :  93
gpdhuman    :  93
gpdamouse   :  93
gpdarabit   :  93
gpdacaeel   :  93
gpdleish    :  93
gpdtrybb    :  93
gpdaecoli   :  93
gpdahaein   :  93
gpdabacsu   :  93
gpdpseu     :  85
cons        :  92

gpd1yeast   MSAAADRLNLTSGHLNAGRKRSSSSVSLKAAEKPFKVTV
gpdadrome   MAD---------------K---------------VNVCI
gpdhuman    MAS---------------K----------------KVCI
gpdamouse   A-G---------------K----------------KVCI
gpdarabit   A-G---------------K----------------KVCI
gpdacaeel   MSP---------------K----------------KVTI
gpdleish    MSTKQH----SAKDELL---------------YLNKAVV
gpdtrybb    MVSG-----------VT---------------YLKRGAV
gpdaecoli   MNQ-----------------------------RNASMTV
gpdahaein   MIT-----------------------------SQTPITV
gpdabacsu   ---------------------------------MKKVTM
gpdpseu     ---------------------------------MTSCC-

cons                                               


gpd1yeast   IGSGNWGTTIAKVVAENCKGYPEVFAPIVQMWVFEEEIN
gpdadrome   VGSGNWGSAIAKIVGANAAALP-EFEERVTMFVYEELID
gpdhuman    VGSGNWGSAIAKIVGGNAAQLA-QFDPRVTMWVFEEDIG
gpdamouse   VGSGNWGSAIAKIVGSNAGRLA-HFDPRVTMWVFEEDIG
gpdarabit   VGSGDWGSAIAKIVGGNAAQLA-QFDPRVTMWVFEEDIG
gpdacaeel   IGSGNWGSAIARIVGSTTKSFPDEFDPTVRMWVFEEIVN
gpdleish    FGSGAFGTALAMVLSKKCRE--------VCVWHMNEE--
gpdtrybb    FGSGAFGTALACVLAKKCES--------VSVWHMNAN--
gpdaecoli   IGAGSYGTALAITLARNGHE--------VVLWGHDPE--
gpdahaein   LGAGSYGTALAITFSRNGSP--------THLWGHNPA--
gpdabacsu   LGAGSWGTALALVLTDNGNE--------VCVWAHRAD--
gpdpseu     -G--------AVAKTR---------------WRNVPD--

cons         *        *                    :       


gpd1yeast   GEKLTEIINTRHQNVKYLPGITLPDNLVANPD----LID
gpdadrome   GKKLTEIINETHENVKYLKGHKLPPNV-AVPD----LVE
gpdhuman    GKKLTEIINTQHENVKYLPGHKLPPNVVAVPD----VVQ
gpdamouse   GRKLTEIINTQHENVKYLPGHKLPPNVVAIPD----VVQ
gpdarabit   GKKLTEIINTHQENVKYLPGHKLPPNVVAVPD----VVK
gpdacaeel   GEKLSEVINNRHENIKYLPGKVLPNNVVAVTD----LVE
gpdleish    ---EVRLVNEKRENVLFLKGVQLASNITFTSD----VEK
gpdtrybb    ---EARVVNQKHENVYFLPGAPLPANLTFTAD----AEE
gpdaecoli   ---HIATLERDRCNAAFLPDVPFPDTLHLESD----LAT
gpdahaein   ---HIAQMQTERQNYRFLPDVIFPEDLHLESN----LAQ
gpdabacsu   ---LIHQINELHENKDYLPNVKLSTSIKGTTD----MKE
gpdpseu     ---PC-------ENTAYLPGHPLPAALKATADFSLALDH

cons                     *  :* .  :.  :   .:       


gpd1yeast   SVKDVDIIVFNIPHQFLPRICSQLKGHVDSHV-----RA
gpdadrome   AAKNADILIFVVPHQFIPNFCKQLLGKIKPNA-----IA
gpdhuman    AAEDADILIFVVPHQFIGKICDQLKGHLKANP-----TG
gpdamouse   AATGADILVFVVPHQFIGKICDQLKGHLKANT-----IG
gpdarabit   AAADADILIFVVPHQFIGKICDEIKGHLKANA-----IG
gpdacaeel   SCEGSNVLVFVVPHQFVKGICEKLVGKIPADT-----QA
gpdleish    AYNGAEIILFVIPTQFLRGFFEKSGGNLIAYAKEKQVPV
gpdtrybb    CAKGAEIVLFVIPTQFLRGFLQKNSHILRNHVVSRNVPV
gpdaecoli   ALAASRNILVVVPSHVFGEVLRQIKPLMRPDA-----RL
gpdahaein   AMEYSQDILIVVPSHAFGEILIKIKPHLKAHH-----RL
gpdabacsu   AVSDADVIIVAVPTKAIREVLRQAVPFITKKA-----VF
gpdpseu     VAQGDGLLIAATSVAGLRPLAQQLQGKAIP-------NL

cons               ::   .   .  .  :                


gpd1yeast   ISCLKGFEVGAK-GVQLLSSYITEELG----IQCGALSG
gpdadrome   ISLIKGFDKAEGGGIDLISHIITR-------IPCAVLMG
gpdhuman    ISLIKGVDEGPN-GLKLISEVIGERLG----IPMSVLMG
gpdamouse   ISLIKGVDEGPN-GLKLISEVIGERLG----IPMSVLMG
gpdarabit   ISLIKGVNEGPK-GLKLISEVIGEHLG----IPMSVLMG
gpdacaeel   ISLIKGVSTEKRGGLKLISEEIKEILK----IEVSVLMG
gpdleish    LVCTKGIERS---TLKFPAEIIGEFLPS---PLLSVLAG
gpdtrybb    VMCSKGIERS---SLLFPAQILEEFLPN---YPIGVIAG
gpdaecoli   VWATKGLEAE---TGRLLQDVAREALGD--QIPLAVISG
gpdahaein   IWATKGLERN---TGRLLQTVVEEQLGT--QYPLAVLSG
gpdabacsu   VHVSKGIEPD---SLLRISEIMEIELPSDVRRDIVVLSG
gpdpseu     VWLCKGLEEG---SGLLPHQVVREVLGT--QLPAGVLSG

cons        :   **..                           .: *


gpd1yeast   ANIATEVAQEHWSETTVAYHIPKDFRGEGKDVDHKVLKA
gpdadrome   ANLANEVAEGNFCETTIGCTDKKY---------GKVLRD
gpdhuman    ANIASEVADEKFCETTIGCKDPAQ---------GQLLKE
gpdamouse   ANIASEVAEEKFCETTIGCKDPAQ---------GQLLKD
gpdarabit   ANIASEVADEKFCETTIGCKDQAQ---------GQLLKQ
gpdacaeel   ANLAPEVANDNFCEATIGCKRKAED--------GPLLKK
gpdleish    PSFAIEVATGVFTCVSIASADINV---------ARRLQR
gpdtrybb    PSFAIEVAKGMLTNVCTAAADINM---------ARKIQR
gpdaecoli   PTFAKELAAGLPTAISLASTDQTF---------ADDLQQ
gpdahaein   PTFAKELAQGLPSAITLAANNEQF---------AREFQS
gpdabacsu   PSHAEEVGLRHATTVTASSKSMRA---------AEEVQD
gpdpseu     PSFAQEVAQGLPCALVIAAEDAAL---------RELVVA

cons        .. * *:.         .                  .  


gpd1yeast   LFH-R-PYFHVSVIEDVAGISICGALKNVVALGCGFVEG
gpdadrome   LFQ-A-NHFRVVVVDDADAVEVCGALKNIVACGAGFVDG
gpdhuman    LMQ-T-PNFRITVVQEVDTVEICGALKNVVAVGAGFCDG
gpdamouse   LMQ-T-PNFRITVVQEVDTVEICGALKNIVAVGAGFCDG
gpdarabit   LMQ-T-PNFRIVVTQEVNTVEICGALKDLVAVGAGFCDG
gpdacaeel   LFH-T-DNFRINVVEDAHTVELCGALKNVVACAAGFTDG
gpdleish    IMSTGDRSFVCWATTDTVGCEVASAVKNVLAIGSGVANG
gpdtrybb    IMTTSDGSFRCWATTDVIGCEIASAMKNVLAIASGALKG
gpdaecoli   LLHCG-KSFRVYSNPDFIGVQLGGAVKNVIAIGAGMSDG
gpdahaein   RIHCS-KGFRVYINSDMTGVQLGGAIKNVIAIGAGISDG
gpdabacsu   LFI-N-HNFRVYTNPDIIGVEIGGALKNIIALAAGITDG
gpdpseu     AVH-G-PAIRVYSSDDVVGVEVGGAVKNILAIATGILDG

cons         .      :      :    .: .*:*:::* . *  .*


gpd1yeast   LGWGNNASAAIQRVGLGEIIRFGQMFFPESREETYYQES
gpdadrome   LKLGDNTKAAVIRLGLMEMIRFVDVFYPGS-KLSTFFES
gpdhuman    LGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGPVSSATFLES
gpdamouse   LGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGTVSSATFLES
gpdarabit   IGFGDNTKAAVIRLGLMEMIAFAKLFCSGPVSPATFLES
gpdacaeel   LGYGDNTKAAVIRLGLMETTKFVEHYYPGS-NLQTFFES
gpdleish    LGMGLNARAALIMRGLLEIRDLTAAL--GG-DGSAVFGL
gpdtrybb    LGTENNARAALISRGLLEIRDLTLAL--GG-TGEAVFGL
gpdaecoli   IGFGANARTALITRGLAEMSRLGAAL--GA-DPATFMGM
gpdahaein   MGFGANARTALITRGIAEITRLGISL--GA-NTNTFMGM
gpdabacsu   LGYGDNAKAALITRGLAEIARLGTKM--GG-NPLTFSGL
gpdpseu     MSLGLNARAALITRGLAEITRLGIAL--GA-RAETFMGL

cons        :    *: :*:   *: *   :                 


gpd1yeast   AGVADLITTCAG--GRNVKVARLMATSGKDAWECEKELL
gpdadrome   CGVADLITTY-------RRVSEAFVTSGKTIEELEKEML
gpdhuman    CGVADLITTCYG--GRNRKVAEAFARTGKSIEQLEKELL
gpdamouse   CGVADLITTCYG--GRNRKVAEAFARTGKSIEQLEKEML
gpdarabit   CGVADLITTCYG--GRNRKVAEAFARTGKSIEQLEKEML
gpdacaeel   CGIADLITTCYG--GRNRKVCEAFVKTGKSMAEVEKELL
gpdleish    AGLGDLQLTCSSELSRNFTVGKKL-GKGLPIEEIQRT--
gpdtrybb    PGLGDLLLTCSSELSRNFTVGMKL-GQGISLEEIKRT--
gpdaecoli   AGLGDLVLTCTDNQSRNRRFGMML-GQGMDVQSAQEK--
gpdahaein   SGLGDLVLTCTDNQSRNRRFGLML-GKGLDAQMAMEN--
gpdabacsu   TGVGDLIVTCTSVHSRNWRAGNLL-GKGYKLEDVLEE--
gpdpseu     AGVGDLILTCTGDLSRNRKVGLGL-AQGKPLETIVTE--

cons         *:.**  *              :   *           


gpd1yeast   NGQSAQGLITCKEVHEWLETCGSVEDFPLFEAVYQIVYN
gpdadrome   NGQKLQGPPTAEEVNYMLKNKGLEDKFPLFTAIHKICTN
gpdhuman    NGQKLQGPETARELYSILQHKGLVDKFPLFMAVYKVCYE
gpdamouse   NGQKLQGPQTARELHSILQHKGLVDKFPLFTAVYKVCYE
gpdarabit   NGQKLQGPETARELHSILQHKGLVDWFPLFMAVYKVCYQ
gpdacaeel   NGQSAQGPLTAEEVYLMMHKTGLDAKFPLFTAVHKICAG
gpdleish    SKAVAEGVATADPLMRLAKQLK--VKMPLCHQIYEIVYK
gpdtrybb    SKAVAEGVATAEPLERLAKKHN--ADLPICHEVYNVLYA
gpdaecoli   IGQVVEGYRNTKEVRELAHRFG--VEMPITEEIYQVLYC
gpdahaein   IGQVVEGFYNTKEAYLLAQRQG--VEMPITEQIYQMLFC
gpdabacsu   MGMVVEGVRTTKAAYQLSKKYD--VKMPITEALHQVLFN
gpdpseu     LGHVAEGVRCAAAVRNLAQQLQ--IEMPITNAVAGILFD

cons             :*           .       :*:   :  :   


gpd1yeast   NYPMKN-LPDMIEELDLHE---------------D
gpdadrome   QLKPND-LIDCIRNHPEHMDTSIMP------SPKL
gpdhuman    GQPVGE-FIHCLQNHPEH----------------M
gpdamouse   GQPVGE-FIRCLQNHPEH----------------M
gpdarabit   GQPVGE-FIRCLQNHPEH----------------M
gpdacaeel   EMKPAE-LVDCLRNHPEH----------------M
gpdleish    KKNPRDALADLLSCGLQDEGLPPLFKRSASTPSKL
gpdtrybb    NGCAKRSFKKLNSCKLADEGLPALP-----RTSKM
gpdaecoli   GKNAREAALTLLGRARKDER------------SSH
gpdahaein   GKSAQDVAISLLGRACKG----------------E
gpdabacsu   GQKVETAVESLMARGKTHEMEDLVNTF---ENQVK
gpdpseu     GHSPRATVEQLLARHPRDESI----------SASP

cons